La partie sud du transept conserve une série de vitraux exceptionnels, appelés “vitraux de privilèges” (de l'évêque et du Chapitre).

La partie inférieure raconte une légende diffusée par les autorités religieuses locales, selon laquelle, le roi mérovingien Chilperic II, un des successeurs de Clovis, aurait donné, après plusieurs épisodes sanglants, à l'évêque et au Chapitre de Tournai, le droit de percevoir différentes taxes en ville. Ces épisodes pseudo-historiques sont ici représentés de façon anachronique, c'est à dire que les personnages mérovingiens évoluent dans un cadre et des costumes tout à fait médiévaux.

La partie supérieure des vitraux montre la perception de ces différentes taxes dans la ville de Tournai. Un chanoine, reconnaissable à son vêtement blanc, assure la perception de la taxe pour le franchissement du pont (1), de la taxe sur les étals du marché( 2), de la taxe sur les boissons (bière (3) et vin (4)), de la taxe sur la pesée officielle des ballots de marchandises (5) marqués à “l'emblème” de la Commune. Ce sont autant d’”instantanés” qui fixent avec saveur des scènes de la vie quotidienne de la Cité à la fin du Moyen-Age et en particulier de ses activités commerciales. Ces vitraux datent du tout début du XVIe siècle et sont les plus anciens conservés dans la cathédrale.